两箱式和三箱式冷热冲击试验箱的主要区别在于结构和功能。

两箱式冷热冲击试验箱只有两个测试箱，一个用于高温测试，一个用于低温测试。试验样品在两个箱子之间交替进行高低温冲击试验。

三箱式冷热冲击试验箱则有三个测试箱，一个用于高温测试，一个用于低温测试，还有一个用于常温测试（也称为“中温室"）。试验样品首先放入常温箱中，然后在高温箱和低温箱之间交替进行高低温冲击试验。 

因此，三箱式冷热冲击试验箱相对于两箱式来说，具有更好的温度控制和样品保护功能，可以更精确地模拟实际使用环境中的温度变化情况。但是，三箱式冷热冲击试验箱的价格通常也会更高一些。